Журнал «Компьютерра» №31 от 30 августа 2005 года
![](https://style.bubooker.vip/templ/izobr/18_pl.png)
Шрифт:
НОВОСТИ: «Геном»: перезагрузка
На удивление спокойно, без победных фанфар и вселенского шума прошло такое, несомненно, грандиозное событие, как завершение проекта «Геном человека» (черновой релиз состоялся в 2001 году, о полной расшифровке ДНК объявлено в 2003-м). Для сдержанности, конечно, есть причины: как ни гляди, работа только началась. С практической точки зрения, выяснение генетической подоплеки тех или иных болезней требует сопоставления многих индивидуальных вариантов структуры генома. С точки же зрения науки, созерцание кода само по себе никак не отвечает на вопросы о механизмах генетического контроля. Мало прочитать, нужно понять.
Американский National Human Genome Research Institute (NHGRI), головная организация «Генома человека», теперь
«Нам открывается новый мир, гораздо более сложный, чем сам мир генома», - говорит об изучении эпигенетических (управляющих работой генетического аппарата) связей канадский исследователь Моше Сциф (Moshe Szyf). Бинг Рен (Bing Ren) из Калифорнийского университета и его коллеги в качестве первоочередной цели рассматривают картирование промоторов - регуляторных последователей ДНК, обеспечивающих включение или выключение генов. Разительные порой отличия между типами клеток, несущими, тем не менее, один и тот же геном, а также функциональные переключения клеток непосредственно зависят от промоторов. Использовав «ДНК-чипы» от NimbleGen Systems и разработанные в университете изощренные компьютерные алгоритмы, исследователи уже идентифицировали местоположение и структуру 10 тысяч регуляторных участков в клетках соединительной ткани (фибробластах) человека; 6 тысяч из них локализованы впервые. Сообщается о том, что некоторые гены могут контролироваться сразу несколькими промоторами, а также о выявлении регуляторов в зонах, в которых их видеть не ожидали.
На разгадку процессов регуляции нацелен и проект «Эпигеном» (Human Epigenome Project). Вопреки всеобъемлещему названию, в фокусе внимания одна-единственная проблема - метилирование ДНК (этой модификации частично подвергается один из нуклеотидов, цитозин). Зачем это нужно у бактерий, разобрались, а вот смысл метилирования у млекопитающих остается недостаточно проясненным. Теперь, видимо, ненадолго.
Амбициозная цель, которую ставят перед собой ученые, - выход на возможность определения последовательности нуклеотидов ДНК (секвенирования) у отдельных людей. Ведь ДНК у всех разная, и то, что мы называем расшифрованным геномом, - лишь случайным образом отобранные для исследования образцы, заведомо отличающиеся от ДНК других людей. Подобный прорыв открыл бы путь тому, что уже получило название «персонализированной медицины» и является долгожданным воплощением врачебного идеала «лечить не болезнь, а больного», - диагностика и лечение могли бы полностью учитывать генетическую индивидуальность.
Пока что прямая ДНК-диагностика ограничивается несколькими сотнями тестов, касающихся болезней с совершенно очевидной генетической предрасположенностью и требует испытания для идентификации каждого патологического гена. Идея «личностной фармакологии» официально получила «добро» от Управления по контролю за пищевыми продуктами и лекарственными средствами США (FDA), однако пока что даже в самой обстоятельной базе данных по фармакогенетике PharmGkb (www.pharmgkb.org) генетические связи приводятся только для 400 из 4000 аннотированных лекарств. А вот проведя широкие сопоставления полных записей структуры ДНК и имея на руках генетический профиль конкретного человека, можно было бы сразу оценить все его врожденные предрасположенности к тем или иным болезням и точно подстроить медикаментозную терапию под генетические особенности.
Для очередной атаки на код наследственности готовится соответствующее обновление методического инструментария. Способов секвенирования придумано немало, но основной «рабочей лошадкой» был и остается метод Сэнджера. Сначала двуспиральную ДНК разделяют на нити, затем на матрице однонитевой ДНК с помощью фермента ДНК-полимеразы начинают вновь воссоздавать вторую цепь. При этом некоторым специальным способом подается команда прекратить синтез, как только он дойдет до определенного нуклеотида (аденина, скажем, или тимина). Длина недостроенных фрагментов (указывающая, в какой позиции прервана реакция и, следовательно, находится соответствующий нуклеотид) определяется с помощью электрофореза. Эта методика достаточно трудоемка, но новые нанотехнологические подходы обещают резко ускорить процесс и перевести прочтение ДНК индивидуума из разряда научных подвигов в ранг бытовой повседневности.
Марсель Маргулис (Marcel Margulies) и его коллеги из 454 Life Sciences Corporation предложили перенести реакцию из раствора на поверхность микроскопических шариков, к которым и прикрепляется анализируемая ДНК. Разработка, выполненная фирмой, позволяет получать результат не исследуя продукты полимеразной реакции, а непосредственно наблюдая за ее ходом. Шарики попеременно орошаются растворами, содержащими один из четырех нуклеотидов. Когда подается нуклеотид, нужный для продолжения цепи, это видно по свечению, возникающему от превращений продуктов
С октября прошлого года инновации в области секвенирования финансирует и упомянутый выше институт NHGRI. Гранты серии «$100000 за геном» подразумевают выведение в обозримые сроки и с опорой на существующие методики полного секвенирования ДНК на обозначенный ценовой рубеж (сейчас это стоит 10 млн. долларов). Гранты же линейки «$1000 за геном» выдаются в предвкушении радикального прорыва (в августе объявлено об увеличении их количества - возможно, под влиянием успехов коллег-конкурентов). В качестве инструментов для совершения революции в секвенировании предлагаются самые разные технологии с использованием нанопор, синтетических нуклеотидных аналогов, измерения электрических свойств нанообъектов и др. Кстати, гранты далеко не столь скромны, как наименования рубрик, - от половины до нескольких миллионов долларов.
Ждет ли нас в близком будущем общедоступное секвенирование по цене средненького ноутбука - бог весть. Однако ученые мужи излучают оптимизм.
Terralab.ru: Overdrive для монитора
О технологии с громким названием Overdrive я впервые услышал во время весенней поездки на Computex 2005 - о ней несколько раз вскользь упоминали сотрудники BenQ, показывавшие нам завод и исследовательскую лабораторию фирмы. А чуть позднее, при посещении завода третьего по величине в мире производителя LCD-панелей AU Optronics (AUO), меня удивило изобилие панелей, сделанных на основе, казалось бы, совершенно непопулярной технологии MVA. Однако «экскурсоводы» в обоих случаях предпочитали говорить не о технологических, а о финансовых достижениях своих компаний, ограничиваясь демонстрацией «железок» и лабораторий, так что Overdrive на время забылась.
Вспомнилась же мне эта история много позднее, когда мой коллега рассказал о появлении на рынке нового поколения мониторов, в которых принципиально решена проблема слишком большого времени отклика матрицы. Заинтересовавшись, я отправился на поиски информации об использующейся в этих мониторах технологии.
Каждый (суб)пиксел в современной активной LCD-панели представляет собой довольно сложную конструкцию из транзистора, конденсатора и резистора, управляющих напряжением на электродах, между которыми зажата крошечная капля жидких кристаллов. В зависимости от этого напряжения изменяется ориентация кристаллов в этой капле, а в зависимости от ориентации субпиксел определенным образом поворачивает плоскость поляризации проходящего через него света. Поскольку вся конструкция, в свою очередь, зажата между двумя поляроидами, первый из которых поляризует свет в одном направлении перед прохождением его через массив субпикселов, а второй - отсекает часть света в зависимости от направления поляризации, то панель пропускает в данной точке то или иное количество света. Сетка управляющих электродов и «встроенные» в каждый субпиксел транзисторы позволяют электронной схеме, управляющей работой панели, подавать необходимый уровень напряжения на любой из субпикселов, образующих матрицу, а встроенные в субпикселы конденсаторы позволяют это напряжение на непродолжительное время «запоминать» - до следующего цикла обновления изображения на экране. Остается только равномерно осветить LCD-панель специальным источником (поток света от которого матрица будет «модулировать») - и жидкокристаллический монитор готов (рис. 1).
Грубая, упрощенная схема устройства субпиксела TFT-матрицы. При снятии напряжения с нужного «горизонтального» электрода в сетке, «открываются» транзисторы, соединяющие конденсаторы субпикселов с «вертикальными» электродами, и через эти электроды на всех субпикселах данного «ряда» устанавливается требуемый уровень напряжения. Эта процедура изменяет ориентацию жидких кристаллов в субпикселах, изменяет угол вращения поляризации света этими кристаллами и регулирует количество света, проходящего через субпиксел. Цветные светофильтры позволяют создавать цветные TFT-матрицы, набирая их из субпикселов разных цветов; пленка из материала с высоким коэффициентом преломления значительно увеличивает углы обзора.