Простое начало. Как четыре закона физики формируют живой мир
Шрифт:
Первый из них – самосборка. Этот принцип подразумевает, что инструкции по созданию объектов из биологических компонентов (будь то молекулы, клетки или ткани) закодированы в физических характеристиках самих этих компонентов. Может показаться очевидным, что организм содержит инструкции по собственной сборке. Ведь никто же не вырезает дерево в форме дерева и не приклеивает пять лучиков к морской звезде – живые существа формируются вполне самостоятельно. Но при этом их внутренние инструкции совершенно не обязаны храниться в виде перечня задач, записанного в одном наборе компонентов и выполняемого другим. Часто инструкциями служат сами физические характеристики биологических структур. Определять взаиморасположение фрагментов целого могут такие свойства, как размер и форма, наряду с менее заметными атрибутами вроде электрического заряда, эксплуатирующими законы физики.
Приведу пример. Если вы когда-нибудь пускали мыльные пузыри и наблюдали за образующимися конфигурациями, то, возможно, замечали, что в одной точке никогда не соприкасается больше трех пузырей. Четыре пузыря могут контактировать только так, как показано на рисунке слева, образуя линию соприкосновения в виде искаженной буквы H, но не X, как это показано справа.
Под
Второй повторяющийся мотив – регуляторные цепи. Благодаря повсеместному распространению компьютеров мы имеем представление о том, что машины способны с помощью законов логики трансформировать входные данные в выходные, принимая решения на основе сигналов от датчиков и контроллеров. Не нова для нас и мысль, что живые существа, включая человека, выбирают стратегию поведения в зависимости от стимулов окружающей среды, однако детали аналитического процесса пока не вполне ясны. Мы увидим, что сетевые механизмы принятия решений свойственны не только крупномасштабному миру: они появляются уже на уровне микроскопической активности – как неотъемлемые части структуры и форм взаимодействия молекул. Сырые, мягкие кирпичики жизни собираются в машины, которые ощущают окружающую среду, производят вычисления и принимают логические решения.
Например, мигрирующая клетка в развивающемся эмбрионе должна остановиться, достигнув нужной точки, и ее решение об остановке отчасти основывается на оценке механической жесткости соседних тканей [3] ,4. Клетки сцепляются друг с другом и с внеклеточным веществом посредством белков, выступающих у них на поверхности, и с помощью этих белков, как бы прощупывая субстрат и подтягиваясь, протаскивают себя по своему окружению. Некоторые белки сцепления, или адгезии, служат как сенсорами, так и якорями, и эти роли неразрывно связаны: в жестких средах молекулы белков растягиваются, как ваша рука, когда вы тянете за толстую ветку дерева на приличном расстоянии от вас; в мягких средах белки сокращаются, примерно как сгибается ваша рука, когда вы без особых усилий сдергиваете полотенце с веревки. Некоторые вещества способны прикрепляться к специальным участкам адгезивных белков, но только если эти участки открыты, что случается, лишь когда молекула белка растянута (представьте, как обнажится внутренняя поверхность локтевого сгиба, если вы потянете за дерево, а не за полотенце). Такое прикрепление запускает череду событий, приводящую клетку к решению прекратить движение. Следовательно, на физической структуре белка может базироваться работа целой клеточной машины, которая воспринимает стимулы, производит расчеты и принимает решения.
3
Способность клеток ориентироваться по жесткости или механическим напряжениям окружающей среды называют механочувствительностью. Для нормальных клеток типичен дуротаксис – склонность двигаться по градиенту жесткости, то есть в область среды с более высокой (из-за иного состава внеклеточного матрикса либо клеточного окружения) жесткостью. В случае клеток дотошные ученые чаще говорят не о жесткости (она обычно обусловлена мощным цитоскелетом) или мягкости, а о высоком или низком модуле Юнга («Биомеханика живой клетки», https://biomolecula.ru/articles/biomekhanika-zhivoi-kletki).
Наш третий принцип – предсказуемая случайность. Физические процессы, лежащие в основе механизмов жизни, по сути своей случайны, но, как ни парадоксально, их средние результаты в высокой степени предсказуемы. В неживой природе случайность играет важнейшую роль в таких разных процессах, как тасование карт и столкновения молекул газа. Физика давно бьется над вопросом, как совершенно надежные, стабильные свойства появляются из базового хаоса. Так, мы уже знаем, почему звезды излучают постоянный, одинаково окрашенный свет, несмотря на бурление внутри них, и как извлекать энергию из воспламенения бензина. Микроскопический мир обречен на непрерывное, интенсивное, случайное движение, с которым ДНК и другие клеточные компоненты должны справляться и даже использовать в своих целях. Мы умеем вычислять вероятные исходы случайных процессов, и именно такие процессы часто дают простое объяснение с виду сложным явлениям. Например, вирусу, стремящемуся к клетке, которую он сможет заразить, не нужно думать (даже если бы он был на это способен), как найти особые поверхностные белки для прикрепления: на вирус действуют случайные силы, которые таскают его повсюду, обеспечивая так гарантированное пересечение его хаотичной траектории с целью. Ваша иммунная система тоже делает ставку на случайность, производя огромное разнообразие рецепторных белков, которые смогли бы при необходимости распознать даже незнакомый организму патоген. Мы посвятим всю шестую главу случайности микроскопического движения: она так или иначе перекликается со случайностью, заложенной в работе генов и иных принципах устройства жизни, которые мы будем обсуждать.
Наш последний биофизический мотив – масштабирование, или идея о том, что физические силы в зависимости от размеров и форм определяют, какой вид могут принимать растущие и эволюционирующие организмы. Когда речь идет об искусственных структурах, связь между размером, формой и физикой очевидна. Например, строить высокие здания очень трудно. До появления стальных каркасов и других современных технологий попытка замахнуться на большую высоту или огромный внутренний простор грозила риском обрушения здания, поскольку его масса могла превысить несущую способность стен. Нельзя просто увеличить масштабы маленького здания, сохранив его пропорции. Говоря современным языком, гравитация и другие силы по-разному масштабируются в зависимости от размера (см. главу 10), и нам необходимо учитывать это при проектировании зданий. Подобным же образом принцип масштабирования проявляется в размерах и формах животных, не ограничиваясь, однако, рамками механической проблематики. Масштабирование проливает свет на самые разные особенности живых организмов, от возникновения легких до, вероятно, скорости нашего обмена веществ.
В последующих главах мы выясним, что эти четыре концепции не изолированы, а взаимодополняемы и в чем-то даже взаимозависимы. Точность биологических регуляторных цепей часто зависит от статистики случайного движения. Случайное движение меняет положение биологических компонентов, способствуя их самосборке. Самосборка в крупные структуры подчиняется законам масштабирования. Все вместе эти процессы и принципы формируют объяснительный аппарат биофизики.
Зная, как устроена жизнь, мы можем влиять на нее. Это, конечно, не новость. Изучив среди прочего иммунную систему и поведение микроорганизмов, мы одолели множество болезней, в прошлом терзавших человечество. Так, за один лишь XX век оспа унесла больше 300 миллионов жизней, но теперь исчезла благодаря вакцинации5. Накопленные знания в сферах генетики, биохимии и множестве других позволяют нам добиваться от растений и животных производства продовольствия для семи с лишним миллиардов человек, хотя всего веком ранее людей на планете было в четыре раза меньше. В последние годы мы научились вносить фундаментальные изменения в организмы, напрямую считывая их геномную информацию и переписывая ее с целью коррекции форм и функций. Как мы увидим, эти прорывы не случились бы, не подойди мы всерьез к изучению жизни через призму биофизики. Признав осязаемую, физическую природу ДНК и других молекул, мы сумели разработать инструменты, которые в буквальном смысле проталкивают, вытягивают, разрезают и сшивают фрагменты жизни.
Биофизический ракурс также помогает нам осмыслить последствия применения новых биотехнологий и трудные решения, которые они вынуждают нас принимать. При появлении у нас в руках, например, биоинженерных методов уничтожения комаров, которые разносят малярию, лихорадку денге и другие болезни, мы вспомним одновременно и печальный опыт спровоцированного человеком вымирания биологических видов, и вдохновляющие истории прошлых побед над болезнями. Чтобы решить, применять ли эти методы, нужно понимать, как они работают и чем отличаются от инструментов, использованных в прошлом. На уровне частной жизни способность читать собственный геном позволяет нам прогнозировать вероятность развития тех или иных заболеваний у нас и у наших детей, а развивающиеся сейчас технологии геномного редактирования дарят нам возможность менять эту вероятность. К чему приведет корректировка зародышевого генома в попытке избавить будущего ребенка от муковисцидоза, рака или депрессии? Решение, делать ли это, глубоко личное, но вместе с тем оно влечет за собой серьезные этические и социальные последствия. Такие решения могут – и должны – подкрепляться достаточными знаниями о генах, геномах, клетках, организмах и процессах, которые определяют их взаимодействие. Ниже мы увидим, что физическая природа компонентов жизни и основополагающие вопросы, связанные со случайностью и неопределенностью, влияют на то, что мы можем и не можем делать с нашими новыми технологиями.
В ходе освоения биофизических тем мы столкнемся со множеством примеров из разных сфер жизни. Мы рассмотрим принципы нормальной работы организмов, включая наш собственный, а также сбои, связанные с болезнью, и точки пересечения биологии с технологиями. В первой части («Ингредиенты жизни») наше путешествие начнется внутри клеток. Мы опишем, в частности, ДНК и белки – вещества в определенном смысле универсальные, поскольку на их основе организованы все известные нам живые существа. Молекулярных персонажей первой части этой истории вы наверняка встречали в школьном курсе биологии, но мы сосредоточимся на физических характеристиках, которые определяют их функции. Мы познакомимся с жесткими нитями ДНК, двумерными жидкостями, определяющими границы клеток, и трехмерными скульптурами из одной молекулы. Во второй части («Жизнь во всей полноте») мы расширим горизонты и рассмотрим сообщества клеток, включая эмбрионы, органы и популяции бактерий, живущих внутри каждого из нас. А еще, усвоив закономерности масштабирования, которые определяют форму животных и растений, мы выясним, почему слону никогда не стать таким же атлетичным, как антилопа. В третьей части («Конструирование организмов») мы вернемся к микромиру ДНК, но теперь, лучше разобравшись во взаимосвязи молекул и организмов, обратим внимание на геном в целом. Мы выясним, что значит читать, писать и редактировать ДНК, а также узнаем, как сама природа указала нам на подходящие для этого инструменты и какие возможности и проблемы сами эти технологии сулят.
Сколь бы интересными ни были эти темы и примеры, общий эффект от знакомства с ними оказывается куда сильнее: единое больше, чем сумма частей. Биофизика преображает наш взгляд на мир. В концовке «Происхождения видов» Дарвин пишет:
Есть величие в этом воззрении, по которому жизнь с ее различными проявлениями Творец первоначально вдохнул в одну или ограниченное число форм; и между тем как наша планета продолжает вращаться согласно неизменным законам тяготения, из такого простого начала развилось и продолжает развиваться бесконечное число самых прекрасных и самых изумительных форм [4] .
4
Дарвин Ч. Происхождение видов путем естественного отбора // Собр. соч. в 9 т. М.: Изд-во АН СССР, 1939. – Прим. перев.