Простое начало. Как четыре закона физики формируют живой мир
Шрифт:
Затем мы повторяем цикл нагревания, охлаждения и синтеза, что дает нам уже 4 молекулы ДНК; в последующих циклах мы получим 8, 16, 32, 64… Соответственно, 10 удвоений даст нам 1024 молекулы, 20 – миллион, 30 (что вполне позволяют автоматизированные приборы для ПЦР – амплификаторы, или термоциклеры) – более миллиарда! [11]
Следовательно, ничтожное количество ДНК мы можем превращать во множество идентичных молекул, тем самым как бы усиливая шепот до громкого хора реплик, который можно на любой вкус применять в медицинской диагностике, терапии и криминалистике. В живых организмах копирование ДНК происходит только в качестве элемента замысловатого репродуктивного танца, порождающего совершенно новую клетку или даже организм. Полимеразная цепная реакция позволяет копировать ДНК по нашему желанию. Рецепт ее прекрасен в своей простоте. Сам Муллис писал, что, узнав о его изобретении, молекулярные биологи «чуть ли не всегда первым делом произносили: `И почему же я до этого не додумался?'«Муллис отвечал на это так: «И никто
11
Очевидно, что синтезированные копии ДНК тоже служат матрицами для построения новых молекул, однако амплификация в одной смеси не может длиться вечно: запас рабочей полимеразы, например, истощается примерно к 30-му циклу, и если необходимо, эту же ПЦР-смесь сильно разбавляют, внося новые ингредиенты, кроме исходной ДНК.
Приручив репликацию ДНК, мы можем создавать достаточное количество копий для секвенирования генома – установления точного порядка нуклеотидов в нем с помощью техник, которые мы опишем в части III. Этот подход позволил нам картировать геномы человека и многих других организмов.
Поскольку для ПЦР нужны праймеры, которые создают необходимый для полимеразы короткий двухнитевой участок ДНК и прикрепляются только к комплементарной им нуклеотидной последовательности, у вас может возникнуть вопрос, не должны ли мы тогда заранее знать, какую последовательность амплифицируем. Нет, это не обязательно. Прежде всего для каких-то целей достаточно знать лишь часть генома организма, с ДНК которого мы работаем, и тогда можно конструировать праймеры, прикрепляющиеся именно к этой части. В большинстве же случаев мы можем нарезать неизвестную ДНК на фрагменты и встроить их в хорошо знакомую нам ДНК, например в специальные элементы генома легко выращиваемых бактерий [12] . Для этого мы используем встречающиеся в природе белки, которые сшивают нити ДНК. В таком варианте праймеры, комплементарные известной ДНК, направят ДНК-полимеразу на неизвестные части. Именно так «прочитали», например, выделенный из древних останков геном шерстистого мамонта, вымершего несколько тысяч лет назад.
12
Этот процесс известен как молекулярное клонирование: амплифицируемую или исследуемую ДНК встраивают в векторы – генетически подправленные для той или иной цели небольшие молекулы ДНК (реже РНК) вирусного, бактериального или эукариотического происхождения. Для множества задач подходят, например, векторы на основе бактериальных плазмид (внехромосомных генетических элементов, способных реплицироваться в бактериях самостоятельно). Векторы защищают встроенный в них генетический материал от разрушения, помогают размножить его и изучить, доставить в нужный тип клеток, синтезировать на его основе полезные белки.
Полимеразная цепная реакция стала неотъемлемой частью решения почти всех задач, связанных с ДНК. При этом сама она обеспечивается совмещением биологических редкостей (вроде термофильных микроорганизмов) с физическими универсалиями (вроде такого фазового перехода, как плавление), хотя по отдельности они могут казаться слабо связанными с практическими задачами. Кроме того, ПЦР наглядно подкрепляет тезис, ключевой для многих современных технологий и природных процессов: ДНК – это не просто код, не какая-то абстракция, а вполне осязаемый физический объект. Руководствуясь прежде всего принципами самосборки и прогнозируемой случайности, мы можем обосновывать и даже изобретать методы работы с этой важнейшей молекулой.
Мы зададимся еще множеством вопросов о ДНК: сколько ее у нас? как она хранится, упорядочивается и декодируется в наших клетках? как мы можем изменять свой геном (или геном нашего будущего ребенка)? Эти вопросы связывают друг с другом физические свойства и биологические функции. Но чтобы ответить на них, нам нужно познакомиться с другим ключевым игроком на клеточной арене – белком. В следующей главе мы узнаем, что такое белки и как они взаимодействуют с ДНК.
Глава 2. Белки: молекулярное оригами
В основе почти любого действия или события в вашем организме лежит белок. Белки в красных кровяных тельцах обратимо связывают кислород из воздуха, которым вы дышите. Одни белки тянут за собой другие, обеспечивая сокращение ваших мышц. Белки вытягивают и втягивают выпячивания, с помощью которых клетки иммунной системы протискиваются сквозь ваши ткани. Одни белки в ваших глазах улавливают свет и порождают электрические импульсы, а другие открывают и закрывают шлюзы, направляя эти импульсы в ваш мозг. Множество разных белков содержится не только в клетках, но и за их пределами, придавая, например, прочность и эластичность вашим тканям. Но что же такое белки?
Как и ДНК, белок – это молекула, состоящая из выстроенных в цепь простых единиц. В ДНК простейшим звеном может выступать любой из четырех нуклеотидов, а в белке – любая из 20 аминокислот. В каком бы порядке ни располагались нуклеотиды в цепи, двухцепочечная ДНК всегда укладывается в двойную спираль. Структура белков, напротив, определяется их аминокислотной последовательностью. Каждый белок имеет характерное лишь для него расположение аминокислот, а следовательно, и отличную от других трехмерную форму. Схемы и инструменты для постройки белка закодированы в нем же. В белках, пожалуй, ярче всего проявляется принцип самосборки, подразумевающий, что природа кодирует инструкции по организации вещества в самом веществе, затем они активируются и выполняются универсальными физическими силами. Самосборка характерна не только для живых организмов – насыпаемый песок, например, собирается в конусы, наклоненные под определенными углами, а мыльные пузыри оформляются в сферы, – но в биологии она вездесуща. Изучая белки, мы увидим, как силы порождают формы, как этот процесс увенчивается успехом и все же иногда с треском проваливается и как тяжело компьютерам даются геометрические расчеты, с которыми молекулы справляются за микросекунды.
Аминокислотная цепь в воде изгибается, перекручивается и складывается в специфическую форму. Чаще всего в белках встречаются два варианта вторичной структуры: спирали и листы (на рисунке – слева и справа соответственно).
Я не стал рисовать все атомы в этих структурах, а ограничился лишь несколькими показательными точками и связями между ними. Спиральная и листовая структуры в белковых молекулах настолько распространены, что мы часто изображаем стилизованные формы – плавную спираль диаметром около нанометра (одной миллиардной доли метра) и лист (или слегка складчатый слой) из нескольких тяжей шириной примерно треть нанометра.
Раньше всего, в 1958 году, была открыта трехмерная структура белка миоглобина, который переносит кислород в мышцах. Как и в случае ДНК и многих других молекул, это стало возможно благодаря математическому анализу дифракционной картины, полученной в результате облучения вещества рентгеновскими лучами. Структурой миоглобина занималась в Кембриджском университете группа Джона Кендрю. Для проведения рентгенографии белки нужно перевести в твердое состояние, превратив в кристаллы. Но если кристаллы сахара, например, можно получить на любой кухне, то подтолкнуть белки к кристаллизации не так-то просто даже в современной лаборатории. Сотрудники Кендрю безуспешно экспериментировали с миоглобином морских свиней, пингвинов, морских котиков и других животных, пока не наткнулись на мясо кашалота, очень кстати припасенное в морозильной камере на Кембриджской станции низкотемпературных исследований. (Особенное внимание именно к этой группе животных объясняется тем, что мышцы морских обитателей, дышащих воздухом и погружающихся на большую глубину, содержат очень много миоглобина, который позволяет им запасать больше кислорода и реже всплывать на поверхность.) Белок кашалота формировал «поистине изумительные <…> гигантские кристаллы»1. Изучив их, Кендрю и его коллеги определили, что 153-аминокислотная цепь миоглобина складывается в структуру из восьми спиралей и нескольких неспиральных перемычек, прикрепленную к плоскому небелковому комплексному соединению, в котором атом железа связывается с кислородом (см. рисунок).
Пример белка, состоящего главным образом из листов, мы тоже можем найти в морском мире. Зеленый флуоресцентный белок, GFP, – это светоиспускающий белок, впервые обнаруженный в организме биолюминесцентной медузы. GFP представляет собой цепь из 238 аминокислот, сложенную в бочонок из листов шириной около трех нанометров, внутри которого находится фрагмент молекулы, отвечающий за испускание зеленого света (см. рисунок ниже2). Этот белок не остался простой океанической диковиной. Ученые научились внедрять GFP в бактерии, грибы, растения и даже животных, от плодовых мушек до рыбок данио-рерио, превратив его в своеобразный маяк, метку, позволяющую визуализировать нужные типы клеток и наблюдать, как они растут, движутся и делятся. Кроме того, GFP можно cшивать с интересующими белками, создавая так химерные молекулы-репортеры, за которыми легко следить: по свечению можно узнать, в какой части клетки они находятся, как ведут себя, когда клетки выполняют разные задачи, какие связи устанавливают с другими белками при создании более сложных структур [13] . Сегодня существует богатая палитра производных от GFP либо происходящих из кораллов флуоресцентных белков, испускающих свет всех цветов радуги и носящих названия от незамысловатых («красный флуоресцентный белок») до куда более выразительных («мандарин», «вишня», «слива» – целая серия фруктовых имен). Этот ансамбль лег в основу многоцветной визуализации биологических механизмов, сферы применения которой вышли далеко за пределы морской колыбели этих белков [14] 3.
13
Полноразмерный GFP подходит не для всех подобных задач из-за риска искажения естественного поведения сшитых с ним белков.
14
Сориентировать в спектре и практическом применении улучшенных флуоресцентных белков может красочно иллюстрированная статья “Флуоресцентные белки: разнообразнее, чем вы думали!” (https://biomolecula.ru/articles/fluorestsentnye-belki-raznoobraznee-chem-vy-dumali).
Трехмерная структура белка важна в первую очередь потому, что тесно связана с его химическими или физическими задачами. Так, у GFP бочонок защищает светоиспускающий механизм от гашения водой и растворенным в ней кислородом. Однако следующие примеры покажут взаимосвязь строения и функций белков еще нагляднее.
Тонкие мембраны разделяют клетку на отсеки и отгораживают ее внутреннее пространство от окружающей среды. Особые мембранные белки, часто формирующие структуры в виде бочонка или кольца, обеспечивают сквозной транспорт атомов и молекул. Один из классов таких транспортеров составляют ионные каналы, пропускающие те или иные ионы – заряженные атомы калия, натрия и хлора, например – внутрь или наружу клетки через центральную пору, которая может быть открыта или закрыта. Контролировать поток ионов критически важно. Скольжение вашего взгляда по этой странице и бег мыслей у вас в голове определяются электрическим напряжением мембран (мембранным потенциалом), которое возникает при перераспределении ионов через них. Многие токсины животных, включая змей и скорпионов, действуют именно на ионные каналы, блокируя в итоге нервную систему жертв. На рисунке ниже изображен калиевый канал в поперечном разрезе (подразумеваемая мембрана лежит в плоскости листа)4. Центральной точкой обозначен ион калия, движущийся к нам или от нас, то есть входящий в клетку или выходящий из нее. Канал этот состоит из четырех идентичных молекул белка, которые свободно связываются друг с другом, формируя трансмембранную пору.