Простое начало. Как четыре закона физики формируют живой мир
Шрифт:
По этим и иным причинам многие открытия, связанные с микробиомом, не столь убедительны, как хотелось бы. Например, сегодня, спустя 10 лет с момента сообщения о связи между ожирением и составом кишечного микробиома человека, эта связь уже не кажется такой прочной10. Нельзя сказать, что ее нет вовсе: кишечные микробы, несомненно, участвуют в усвоении жиров и многих других пищеварительных процессах, которые, в свою очередь, тесно связаны с развитием ожирения. Однако роли столь разнообразных микроорганизмов не так просты, как хотелось бы. Подобные трудности возникают и с другими признаками, призванными отделить здоровье от нездоровья. Может показаться странным, что наука не застрахована от таких промахов. И все же множество ученых из разных областей все пристальнее и пристальнее следят за воспроизводимостью результатов.
Впрочем, моя задача не в том, чтобы исчерпывающе описать все, что нам известно либо не известно о кишечном микробиоме, и не в том, чтобы проанализировать структурные проблемы современной науки, хотя
К сожалению, неопределенности в этой сфере пока больше, чем в любой из тех, что мы уже затрагивали: изучение нашей кишечной экосистемы далеко от завершения. Именно им главным образом и занимается моя лаборатория в Орегонском университете, поэтому я расскажу не только о возможных общих принципах, но и о том, как бросил почти все остальные исследования ради поиска физики в загадочной субстанции кишечного микробиома.
Надо признать, решение мое было странным. Я физик по образованию и занимаю профессорскую должность на кафедре физики. Как мы видели, физика не сводится к магнитам, кваркам и лазерам, а пронизывает и живую природу, но даже биофизикам не очевидно, как связать ее с беспорядком кишок, таким непохожим на отточенность хореографии фолдинга белка и механистичность законов упаковки ДНК. Зачем мне – и небольшому, но растущему числу других биофизиков – делать ставку на биофизику микробиома как на предмет, заслуживающий изучения?
Представьте себе тропический лес, изобилующий растениями и животными. Если бы вы слышали, что в нем обитают организмы, называемые обезьянами, леопардами, слонами и деревьями, но почему-то были не в курсе, что деревья стоят на месте, обезьяны лазят по деревьям, а слоны к этому не склонны, что леопарды охотятся на обезьян, но слонов обходят, – если бы вы не знали ничего о поведении, местоположении, размере и подвижности лесных организмов, вам не стоило бы даже пытаться рисовать достоверную картину работы лесной экосистемы. Не знай вы, что на каменистом берегу дважды в сутки случается прилив, что морские звезды – подвижные хищники, а морские львы заплывают туда перекусить, вам было бы не легче разобраться в экосистеме приливной зоны, сколько бы ДНК ее обитателей вы ни соскребли со скал и ни вычерпали из морской воды. Для макроскопических систем это кажется очевидным, но вообще-то принцип важности структуры и динамики универсален.
И все же, как упоминалось выше, информацию о кишечном микробиоме мы получаем в основном с помощью секвенирования ДНК, которое не учитывает его структуру и функции. Такой дефицит биофизических знаний начал беспокоить меня лет десять назад, когда в мире резко возрос интерес к кишечной микробиоте и я частенько беседовал с уже упомянутой Карен Гиймен. Примерно тогда же я увлекся новыми методами микроскопии, особенно флуоресцентной микроскопией плоскостного освещения (LSFM), которая позволяет быстро получать трехмерное изображение больших полей обзора (в микроскопии большими считают поля диаметром чуть меньше миллиметра). В итоге моя группа сконструировала собственный LSF-микроскоп и начала изучать кишечник живой личинки данио-рерио. Мы понимали, что сможем получить изображения и видео, охватывающие весь кишечник и достаточно четкие, чтобы разглядеть отдельные бактерии. Никто прежде не проводил такую визуализацию позвоночных. Пользуясь преимуществами оптической прозрачности личинок и возможностью выращивать их стерильными, мы позволяли безмикробным рыбам вступить в контакт не более чем с двумя видами микроорганизмов, чтобы без лишних сложностей изучать, как организуются и ведут себя новоселы.
Я рассудил, что, если бы нам не повезло, мы обнаружили бы лишенные отличительных черт скопления бактерий, одинаковые для всех видов и такие же, как в лабораторной пробирке. Тогда мы, возможно, занялись бы измерением скорости роста кишечных бактерий или другим довольно скучным, но потенциально полезным делом.
К счастью, Природа оказалась к нам благосклонна. Первые же микроскопии явили нам поразительное многообразие форм. Одни бактерии плавают свободно, другие сбиваются в группы. Одни предпочитают передний отдел кишечника, другие заселяют в основном задний. Наметились даже очевидные кандидаты в носители физических характеристик, влияющих на работу кишечной экосистемы, что может подкинуть нам идеи, как манипулировать межвидовой конкуренцией и кооперацией микробов.
Почти во всех экспериментах с личинками данио-рерио наша лаборатория использует бактерии – аборигены кишечника этой рыбы. Но в качестве начальной виньетки, иллюстрирующей физические предпосылки динамики микробиома, я опишу эксперимент не с аборигенной, а с патогенной бактерией – холерным вибрионом. Vibrio cholerae активно изучается больше 100 лет, и хотя холера сегодня не опустошает города, как пару веков назад, она все же уносит около 100 тысяч жизней в год11. Я практически и не думал об этой инфекции до одной необычной встречи в «Биосфере-2» – лаборатории, где в начале 1990-х безуспешно пытались создать герметичную экспериментальную экосистему, способную существовать автономно. Там я пообщался с микробиологом Брайаном Хаммером из Технологического института Джорджии и специалистом по микробиому Жуаном Шавьером из Мемориального онкологического центра Слоуна – Кеттеринга в Нью-Йорке. Нет, нас не заперли в бетонном бункере и не заставили выращивать себе пропитание, а просто пригласили на семинар, организованный Исследовательской корпорацией развития науки, небольшой частной компанией, финансирующей научные проекты. («Биосфера-2» теперь туристический объект и площадка для конференций при Аризонском университете, который совмещает все это с проведением экспериментов в уже не герметичных зданиях под стеклянными крышами.) В ходе бесед мы поняли, что все еще мало знаем о средствах, помогающих холерному вибриону освоиться в человеческом кишечнике. Бактерия ведь не вплывает в пустое пространство, а попадает в орган, густонаселенный триллионами резидентных микроорганизмов, среди которых она должна как-то закрепиться.
Брайан много лет изучал поразительный инструмент, которым обладают V. cholerae и многие другие микробы, – шприцеподобное устройство под названием система секреции VI типа (T6SS)12. С помощью этой наномашины бактерии прокалывают соседние клетки и впрыскивают в них токсины [41] . Нас заинтересовало, может ли V. cholerae использовать T6SS для внедрения в кишечник и позволит ли наша комбинация LSF-микроскопии и личинок данио-рерио пролить на это свет. Кроме того, никто никогда не наблюдал, как холерный вибрион колонизирует кишку животного и как вступает в конкуренцию с резидентными бактериями, – вдруг мы увидим нечто захватывающее? Группа Брайана создала несколько штаммов V. cholerae, включая вариант, в котором гены T6SS всегда оставались включенными, а следовательно, вибрион всегда был готов прокалывать соседей (слева на рисунке); у другого варианта «шприц», наоборот, был дефектным, и бактерия не могла никого атаковать (справа).
41
Принцип работы T6SS в простейшем виде показан, например, в короткой анимации: https://www.youtube.com/watch?v=DsvrkB5ABLY.
Группа Жуана проводила эксперименты в чашках Петри, чтобы изучить и визуализировать убийство бактерий бактериями – действо вообще-то довольно красивое. Ну а мы заглядывали внутрь рыбы13.
В простейшем эксперименте по заражению кишечника мы заранее колонизировали стерильную рыбу единственным аборигенным видом бактерий и через 24 часа ввели в окружавшую ее воду один из штаммов V. cholerae. В случае заражения вибрионом с поврежденной системой секреции аборигенные бактерии в кишечнике выглядели так же, как если бы пребывали в одиночестве: они не теряли в численности и формировали плотные колонии. После вторжения захватчика, всегда готового к атаке, аборигенные бактерии гибли: за сутки их популяции сокращались в среднем в 100 с лишним раз, а то и вовсе исчезали. Мы наблюдали, как аборигены теряли контроль над территорией и их колонии перемещались по кишечнику все ниже и ниже, пока не изгонялись из рыбы полностью. На том этапе мы страшно обрадовались очевидной разнице в результатах действия и бездействия T6SS и предположили, что вооруженные холерные вибрионы уничтожают аборигенов, вытесняя их из кишечника. Но мы продолжили наблюдения и обратили внимание на действия самих данио-рерио. Кишечник рыб, как и ваш, периодически сокращается, чтобы перемешивать и продвигать содержимое. Магистрантка Саванна Логан, проводившая эксперименты, заметила, что у рыб, колонизированных всегда боеспособными вибрионами, кишечник сокращался гораздо интенсивнее, чем у стерильных сородичей и рыб, колонизированных любыми другими штаммами V. cholerae. Анализ изображений показал, что интенсивность сокращений у рыб, колонизированных вибрионом с постоянно активной T6SS, была примерно на 100 % выше. Напрашивался вывод, что бактерии атакуют скорее не своих конкурентов, а их хозяина.
Чтобы это доказать, мы снова обратились к сочетанию генной инженерии с микроскопией. Было известно, что фрагмент одного из белков в составе бактериального «шприца» токсичен для микробов-эукариот типа амеб, например, поскольку разрушает филаменты цитоскелета, свойственные всем эукариотическим клеткам, но не представленные в идентичных вариантах у бактерий. Группа Брайана Хаммера создала дополнительный штамм V. cholerae, формирующий в целом функциональный шприц, только без этого токсичного фрагмента. Повторив тот же опыт с заражением рыбы, мы увидели нормальные кишечные сокращения и нормальную, стабильно высокую численность аборигенных кишечных бактерий. Следовательно, холерный вибрион побеждал бактериальных конкурентов, не убивая их, а выдворяя целыми ассоциациями из хозяина с помощью усиления кишечной моторики, обусловленного раздражением стенок токсичными шприцами. Для самих V. cholerae обстоятельства складывались удачнее, поскольку они не склонны к агрегации, подвижны и индивидуалистичны. Так мы установили, что любая бактерия может манипулировать физиологией животного, используя свои шприцеподобные системы. В более широком масштабе наша работа подчеркнула, что физический ландшафт кишечника критически важен для регуляции кишечного микробиома, причем механизмы этого влияния непознаваемы с помощью одних лишь экспериментов в пробирке и анализа ДНК.