Десять великих идей науки. Как устроен наш мир.

Эткинз Питер

Рис. 2.13.Рибосома состоит из двух компонент неодинакового размера, которые соединяются вместе, чтобы образовать единый объект (справа), когда начинается копирование. Каждая из этих частей является маленькой фабрикой. Большая компонента обычно состоит из двух молекул рибосомной РНК (рРНК) с длиной 2900 и 120 оснований соответственно и около тридцати двух различных белков, в большинстве случаев в одном экземпляре. В маленькой компоненте имеются одна молекула рРНК длиной в 1540 оснований и по одной копии каждого из двадцати одного различного белка.

На рис. 2.14 в различных формах показана конструкция молекулы тРНК. В ней есть две важных части. Петля антикодонаявляется инструментом, опознающим кодоны в иРНК. Например, если кодоном является CGU, кодирующий аргинин,

то антикодоном будет дополнительная последовательность GCA, которая может найти кодон CGU, выбирая парные водородные связи и приклеиваясь к нему подобно застежке-липучке. Другой важной частью является место крепленияна конце цепочки нуклеиновой кислоты. Это еще одна часть молекулы, подобная застежке-молнии, содержащая последовательность нуклеотидов, способную прикрепляться к одной и только одной аминокислоте, в данном случае аргинину.

Рис. 2.14.Молекула транспортной РНК (тРНК). Биологические молекулы столь сложны, что, в зависимости от черт, которые мы намереваемся отобразить, приходится пользоваться для их описания различными представлениями. Слева мы видим схематический план расположения оснований (квадраты) и общую форму молекулы. Антикодон является частью, которая служит для определения последовательности кодонов в информационной РНК, а соответствующая аминокислота прикрепляется к месту, показанному на схеме. Вторая иллюстрация демонстрирует индивидуальные связи в реальной молекуле тРНК (это РНК дрожжей фенилаланина). Чтобы дать более полное представление, на третьей схеме показан скелет ее структуры, наложенный на структуру связей. Наконец, на четвертой схеме показаны все атомы и дается представление об объемном заполнении формы молекулы, но детали нам (но не другим молекулам) различить трудно.

Теперь мы можем посмотреть, что происходит в цитоплазме, когда рибосома захватывает кусочек иРНК. Рибосома задерживается у первого кодона, и различные молекулы тРНК пытают счастья, но не прилепляются из-за того, что их антикодоны оказываются неподходящими (рис. 2.15). Затем подходит молекула тРНК с антикодоном для GUU и валином, прилепленным к ее месту крепления. Она приклеивается и дает возможность рибосоме передвинуться к следующему кодону, который может оказаться AGC. В свой черед мимо проплывает тРНК с антикодоном для AGC, неся молекулу серина, которую она захватила, столкнувшись с нею где-то в цитоплазме. Антикодон сцепляется с кодоном, располагая свою молекулу серина рядом с молекулой валина; фермент отрывает валин от его тРНК и прикрепляет к молекуле серина, формируя дипептид валин-серин, а освобожденная первая тРНК потихоньку отбывает в раствор для бессознательного поиска следующего валина. Теперь рибосома проскакивает к следующему кодону, и процесс повторяется. Постепенно цепочка белка растет и исходная информация, записанная в ДНК ядра, превращается в настоящий белок. Жизнь продолжается.

Рис. 2.15.Синтез белка, управляемый информационной РНК (иРНК, отрезок букв на печатной ленте), и действие транспортной РНК (тРНК). Это действие происходит внутри рибосомы, которая здесь не показана. Молекула тРНК с антикодоном CAA, несущая молекулу валина, подплывает к кодоновой последовательности GUU. Вскоре другая тРНК, на этот раз с антикодоном UCG и нагруженная молекулой серина, подходит и опускается на свой кодон, представляющий последовательность AGC. Затем молекулам валина и серина присоединяются ферменты, создавая дипептид валин-серин, отработавшая тРНК с кодоном CAA отплывает куда-то на поиски другой молекулы валина, а рибосома передвигается к следующему кодону и ожидает прибытия подходящей молекулы тРНК и ее аминокислоту. Таким образом полипептидная цепь растет, следуя порядку, определяемому иРНК.

Теперь мы можем подвести следующий итог сказанному. Центральная догмагенетики гласит: поток информации и активности течет по пути ДНК -> РНК -> белок. Лишь в очень редких случаях (как мы увидим позднее) информация течет от РНК к ДНК. Предполагаемая неспособность белка влиять на ДНК согласуется с тем, что ламаркианское наследование приобретенных признаков (о которой шла речь в главе 1) не соответствует действительности.

Теперь, по-видимому, становится очевидной неоценимая важность раскрытия структуры ДНК, но существует еще множество ответвлений, которых нам также следовало бы коснуться. Я говорю «ответвления», но на самом деле это горы вопросов, на решении которых сегодня сосредоточены усилия многих ученых, это безграничный мир современных исследований.

Во-первых, структура ДНК связана с обсуждавшейся в главе 1 эволюцией в качестве ее молекулярного базиса. Воспроизведение и запись никогда не бывают совершенными: даже нуклеотиды и аминокислоты делают ошибки при группировании вслепую,

в соответствии с формой и электрическим зарядом, прикрепляясь наилучшим из возможных способов, но иногда оказываясь в неправильном положении. Они не способны исправить ошибку, пока не будут перемещены в другое положение в момент приближения или формирования новой связи. ДНК может неверно воспроизвестись при создании следующего поколения, молекула иРНК может ошибиться при считывании ДНК, молекула тРНК может приклеиться не к тому кодону, и даже правильно прикрепленная тРНК может нести не ту аминокислоту. Однако все эти ошибки, за исключением первой, преходящи, они влияют на клетку, но не на тело в целом. Только первая, называемая соматической мутацией, влияет на все тело, ибо неверный шаг на раннем этапе развития организма будет воспроизводиться и воспроизводиться, пока не наполнит его целиком. Когда происходит мейоз и образуются гаметы, мутировавшая ДНК входит в зародыши потомства и готова к тому, чтобы быть переданной этому хитроумно устроенному способу расширения тела, следующему поколению. Такой тип мутации называется герминативной мутацией.

Ясно, что воспроизведение это опасный бизнес, в нем можно сделать так много неверных шагов. Можно быть уверенным, что этот процесс обладает значительной устойчивостью, что мутации возникают нечасто, иначе нас тут не было бы. Конечно, в один прекрасный день нас (нашего вида) и не будет. Одной из причин долговечности ДНК является то, что каждая клетка имеет изощренные полицейскую и ремонтную службы, которые идентифицируют мутации и исправляют их. Другая причина в том, что ДНК содержит много мусора, участков, называемых интронами, которые просто вышли погулять и ничего не кодируют (не «символизируют»). Части ДНК, имеющие серьезные намерения, участки с активными кодами, называются эксонами. Если мутация происходит в интроне, это не имеет последствий для организма, так как данный генетический материал не символизирует белка. Огромная доля нашей ДНК является интронным мусором, поскольку Природа в своей, как говорят, элегантной и экономичной, а на самом деле неряшливой манере не обременяет себя подметанием ставшего ненужным мусора, а просто тащит его через поколения. Это довольно странно, поскольку означает, что огромная часть точнейшего ресурса и энергии уходит на распространение бесполезных вещей. Возможно, мусор имеет функцию, о которой мы пока не знаем. Возможно, это совершенный способ обеспечения передачи через поколения информации, никогда себя не проявляющей, чтобы не подвергать риску сопутствующую явную активность. Мусор в ДНК может быть чистой, вечной, невыразимой информацией, не имеющей другой цели, кроме бесцельного существования. Эта бесцельная часть ДНК ведет роскошную жизнь, поскольку 98 процентов ДНК, которую мы таскаем в себе, является мусором, и лишь 2 процента приносят пользу, кодируя белки.

Легко вообразить себе разнообразие мутаций ДНК. Мутация подстановки основанияпредставляет собой замену одного основания другим. Некоторые подстановки основания являются молчащими, в том смысле, что мутировавший кодон кодируется, теми же основаниями, что и первоначальный, так что это не влияет на результирующий белок. Однако другие подстановки основания могут изменить послание, и серьезность последствий зависит от того, в какой степени замещающая аминокислота в результирующем белке отличается от первоначальной. Мутации добавленияи уничтожениясостоят в добавлении или уничтожении пары оснований: они могут нарушать интерпретацию ДНК, потому что вместо …ATGGTCT…, читаемого как …(ATG)(GTC)(T…, уничтожение второго T приводит к тому, что послание читается как …(ATG)(GCT)(…, и с этого места белок может строиться совсем по-другому и функционировать неправильно. С другой стороны, он может сделать более прочными челюсти гепарда или более чувствительными органы обоняния оленя.

Мутации могут быть спонтанными или индуцированными. Спонтанные мутации происходят с постоянной скоростью и образуют «молекулярные генетические часы», которые постоянно отсчитывают время в биосфеpe. Скорость мутаций данного гена приблизительно постоянна, поэтому регистрируя число аминокислот, которыми различаются друг от друга два вида, мы можем судить о времени, прошедшем с тех пор, как они отделилась от общего предка. Именно этот род информации мы имели в виду в главе 1, когда отмечали, что эволюция предсказуема, поскольку не было ни одного случая, когда информация этого рода пришла бы в конфликт с информацией о последовательности видов. Молекулярные часы также дают количественное подкрепление кладистическим диаграммам поколений подобным фрагменту на рис. 1.2 ), добавляя к ним шкалу времени. Кроме того, мутации могут быть индуцированы вышедшими из-под контроля воздействиями окружающей среды, такими, как облучение ядерной и ультрафиолетовой радиацией, попадание в организм химикалий и окисление опасными кислородсодержащими веществами, такими, как свободные радикалы (молекулы кислорода с дополнительным электроном): такова плата за использование кислорода и борьбу за долголетие.